Tra le principali malattie del pony, la più diffusa è la cosiddetta sindrome di Wobbler, chiamata anche atassia spinale o malformazione cervicale, che presuppone una compressione vertebrale che determina instabilità, barcollamento e atassia del treno posteriore. L’animale trascina gli zoccoli, cade e collassa spesso mentre si muove e fatica a rialzarsi; inoltre, dimostra incontinenza fecale e urinaria, e, a seconda della zona del midollo spinale coinvolta, mostra arti anteriori rigidi o difficoltà nel cambiare direzione.
Un’altra patologia tipica è la morva, malattia infettiva che per altro può anche essere trasmessa all’uomo, e che generalmente si palesa negli animali denutriti. Chiamato anche farcino, questo disturbo si manifesta con macchie ulcerose di colore biancastro sulla mucosa delle narici, e con piccoli noduli sotto la cute. Una diagnosi sicura può essere effettuata solo tramite la malleinizzazione, mentre la cura prevde di isolare l’animale e disinfettare i luoghi da esso frequentati. La morva può essere comunque prevenuta mediante specifici vaccini. Da non sottovalutare, poi, è l’enfisema polmonare cronico, detto anche bolsaggine, provocato dallo sfiancamento degli alveoli polmonari. Si tratta di una malattia che si osserva con maggiore frequenza nei soggetti sottoposti e sforzi notevoli, e può essere causata da infezioni pregresse, avvelenamento o traumi. Tale malattia, inoltre, è tipica degli animali che sono ricoverati in condizioni non idonee: non è un caso che una delle cause più frequenti della sua insorgenza vada rintracciata negli allergeni presenti nel fieno e nella paglia. I sintomi si caratterizzano per narici dilatate, respiro difficoltoso e alterato, tosse continua. Il pony deve quindi essere sottoposto a cure ricostituenti, nutrito con beveroni e foraggi verdi; assolutamente da evitare, invece, è il fieno imbrattato, polveroso e ammuffito.
Altra patologia cui occorre prestare attenzione nella cura di un pony è il corneggio, che causa una paralisi parziale dei nervi laringei, con problemi nell’inspirazione e nell’espirazione. L’animale colpito da tale disturbo produce un rantolo facilmente riconoscibile, un sibilo percepibile ancora più facilmente quando l’animale va al trotto. Tale malanno può essere conseguenza di una bronchite o una pleuro-polmonite, o semplicemente ereditario; in casi più rari, invece, discende semplicemente dall’ingestione di alimenti tossici o da avvenimenti traumatici.
Un’ultima malattia tipica dei pony è il cosiddetto ballo dell’orso: il cavallo oscilla da un lato all’altro, a causa di problemi alle articolazioni e ai tendini. Tale disturbo è visibile specialmente nei pony che non sono abituati a muoversi spesso: per questo motivo sarebbe opportuno tenerli costantemente allenati.